三块石山又称烟囱山,为长白山系老龙岗余脉南麓的中低山区,气候属中温带湿润大陆性季风气候区,是华北植物区系和长白植物区系交汇处,三块石山和石棚山之间还保存有486公顷原始森林,占保护区总面积的4.4%,占核心区面积的18.4%,林相完好,没有人为破坏的痕迹。据统计,保护区内木本植物33科125种,草本植物有62科242种。保护区有野生动物22目53科174种,其中国家二级重点保护的野生动物有猞猁、苍鹰、白头鹞、秃鹫等,辽宁省重点保护的野生动物黄鼬、青鼬、艾虎、狗獾、等30多种。
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